Podem ser realizadas de diferentes formas.
- Por craniotomias (abertas)
- Estereotaxia
- Guiadas por neuronavegação
- Guiadas por endoscopia
A modalidade a ser escolhida para se realizar a biópsia dependerá muito das características e da região do cérebro onde estiver a lesão.
Lesões mais superficiais, podem ser biopsiadas por craniotomias ou biópsias navegadas (com auxílio de neuronavegador) e eventualmente por outras modalidades.
As lesões mais profundas do parênquima cerebral, podem ser biopsiadas tanto por estereotaxia como por biópsias navegadas. Porém, em biópsias de sítios que demandam uma abordagem mais precisa, é preferível se utilizar a técnica de estereotaxia.As biópsias realizadas por endoscopia, em geral, são de lesões que se localizam dentro dos ventrículos, com algumas exceções.